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Les langages de programmation
Bonjour à tous et toutes, j'ai l'honneur d'écrire l'un des tout premiers articles du blog Bioinfo-fr. Étant (presque) plus passionné par l'informatique que par la biologie, je vais vous expliquer l'un...
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Bien commencer en bioinformatique
"Je n'y connais rien en informatique", "C'est trop compliqué pour moi" ou "Je ne sais pas par où commencer" sont des phrases qui nous servent souvent d'excuse pour ne pas nous lancer dans le grand bain...
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Bioconductor
Bioconductor Voilà le sujet que l'on va aborder ensemble aujourd'hui. On va voir ce que c'est, à quoi cela sert, comment l'installer et bien-sûr l'utiliser. Qu'est-ce donc ? Je décrirais Bioconductor...
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Cours de R pour débutant pressé (introduction)
Le site du CRAN Bonjour à tous ! Aujourd’hui, je vous propose un premier petit cours/tutoriel de niveau « débutant », d’une série d’au moins 3, pour apprendre à faire quelques graphiques avec R et vous...
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Cours de R pour débutant pressé, deuxième épisode
Voici donc la suite de mon premier cours de R pour débutants pressés où nous avions vu les bases. Je vous invite à le lire si vous ne l’avez pas déjà fait. Aujourd’hui le but est de s’approcher de la...
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Suivez le guide : en quête de HMM
Hidden Markov Model | licence Wikipedia Bases Théoriques : Une chaîne de Markov , ça vous dit quelque chose? Une classe de modèles de Markov, appelée Modèle de Markov Caché (Hidden Markov Model, HMM),...
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Julia: le successeur de R ?
Logo du langage Julia.Source: http://julialang.org/ Actuellement le langage R est incontournable pour qui veut manipuler des données en bioinformatique, en particulier pour l'analyse statistique. Mais...
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Les mélanges gaussiens
Un boa qui a mangé trois éléphants. La plupart des mesures que l'on obtient des expériences en biologie suivent approximativement une distribution dite "normale", ou "gaussienne", dont la densité a la...
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Soirée BED & FASTA !
bed & fasta Après la petite histoire de l’analyse des séquences d’ADN, voici un tutoriel pour apprendre quelques trucs et astuces dans ce domaine. Biologiste en mal de connaissances de...
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Guide de démarrage pour ggplot2, un package graphique pour R
Hadley Wickham signed his book "ggplot2" in my iPad | H. Okumura Le traitement et l’analyse de données sont une part importante des tâches demandées à un bioinformaticien. L’utilisation de R facilite...
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L'analyse en composantes principales (avec R)
L'ACP, ou Analyse en Composantes Principales, est une méthode d'exploration de données qui consiste à réduire la dimensionnalité du problème pour en extraire l'essentiel. Par une projection dans un...
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L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement
Non il ne s'agit pas d'enrichissement d'uranium ! (U.S. Department of Energy, Domaine Public) Les annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. Lorsque...
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De la procrastination dans l'R
Connaissances requises Connaissances basiques en R. Si vous ne faites pas la différence entre un test exact de Fisher et le test du Chi-2, cela ne devrait pas poser de problème. Euh, bah c'est tout !...
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Créer sa carte géographique avec R
Aujourd’hui je vais vous montrer comment, en utilisant R, on peut faire de belles cartes géographiques. Et là, vous allez me demander, mais pourquoi faire des cartes géographique ? Et pourquoi avec R ?...
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La bière décodée dans un Hackuarium
CC-BY Jonathan Sobel/ Hackuarium Vous aimez la bière et la science ? Vous voulez connaître la composition de votre mousse favorite ? Vous avez envie de goûter de nouvelles bières proches de celles que...
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Twitter, arme de communication massive et outil scientifique
CC-BY Jonathan Sobel Twitter est un réseau social incontournable. Son principe est simple, il s'agit de s'échanger avec ses "followers", des messages ou "tweets" de 140 charactères maximum. Il est...
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Cours de R pour débutant pressé : les régressions !
Bonjour à tous et soyez les bienvenus dans ce 3ème cours de R pour débutant pressé. Aujourd’hui, nous allons voir rapidement ce qu’est une régression (linéaire ou quadratique), à quoi ça sert et ce que...
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C'est l'enfeR.
Certains bio-informaticiens ne jurent que par R (j'en fais partie). Je suis amoureux de sa simplicité (sic), son élégance (re-sic), sa documentation et ses innombrables packages tous plus utiles les...
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dplyr et le génome humain
Introduction Non, ne fuyez pas tout de suite, chers lecteurs, tout va s'éclaircir : dplyr, c’est plyr pour les data.frame (les tableaux de données). Attendez, j’y viens, plyr, c’est un package R pour...
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Packrat ou comment gérer ses packages R par projet
Qui ne s'est jamais retrouvé coincé entre deux projets R utilisant deux versions différentes d'un même package ? Qui n'a jamais eu cette idée folle, un jour d'inventer un cas d'école (via R) qu'il...
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