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Qu'est-ce qu'un site d'initiation de la transcription ?
Comment je me suis posé la question. Chez les eucaryotes, l'ADN est organisé en domaines plus ou moins compactés, avec des taux de transcription plus ou moins élevés, et qui sont marqués...
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Rendre ses projets R plus accessibles grâce à Shiny
Bonjour à tous ! Vous avez un script que vous souhaitez partager avec une équipe expérimentale? Vous ne voulez pas que les utilisateurs modifient le code pour paramétrer votre programme? Vous codez...
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Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R
En génomique, et sans doute dans tout un tas d'autres domaines omiques ou big data, nous essayons souvent de tracer des grosses matrices sous forme d'heatmap. Par grosse matrice, j'entends une matrice...
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Pourquoi et comment déposer un package R sur Bioconductor ?
Ça y est, votre code R un poil brut commence à avoir de la substance et vous envisagez d'en faire un outil à part entière. Comme tout bioinformaticien qui se respecte, vous envisagez donc de packager...
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Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre...
Gaëlle Lelandais et Pierre Poulain Qui sommes-nous ? Tous les deux passionnés par l’enseignement, les problématiques de big data et d’analyse de données en biologie, nous nous côtoyons...
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Introduction à la manipulation d'intervalles dans R
Introduction "Quelle est la profondeur de ce séquençage ?" "Quelle proportion de SNPs se situent dans des exons ?" "Y a-t-il des pics dans ces données de ChIP-seq ?" "Quelle proportion de promoteurs...
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Manipulation d'intervalles génomiques dans R
Introduction Nous avons abordé, dans le précédent article de cette série, les bases de la manipulation d'intervalles dans R. Ce deuxième article a pour objectif de montrer comment manipuler des...
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Fréquences des dinucléotides dans le génome d'organismes modèles
L'analyse de séquences est au cœur de nombreux domaines de la bio-informatique. Le billet du jour s'intéressera aux séquences ADN, en se proposant de compter la fréquence en dinucléotides dans...
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R : représenter des genomic tracks avec Gviz
Si vous analysez des données d'épigénomique telles que de l'ATAC-seq ou des ChIP-seq, vous souhaitez sûrement pouvoir représenter des exemples de pics sous forme de genomic tracks comme on en voit...
View ArticleR : Convertir des Ensembl IDs en symboles de gènes
Lorsque l'on traite des données de RNA-seq, il arrive très souvent de se retrouver avec une matrice de quantification de l'expression des gènes (un tableau avec le nombre de reads par gène) dont le nom...
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